La cosiddetta torre di Federico II, distrutta dall’esercito tedesco nel 1944 ed esattamente ricostruita nel 1958, venne edificata tra il 1217 ed il 1223 per volere di Federico II di Svevia, re di Sicilia e imperatore del Sacro Romano Impero.

La torre era alta circa 37 metri e si concludeva con un coronamento di colonne cilindriche di mattoni, sull´esempio dei pinnacoli dei campanili siciliani. Queste caratteristiche, insieme alla presenza di archetti ciechi ogivali, hanno fatto pensare all´intervento diretto di maestranze siciliane nella sua costruzione. Faceva parte di un complesso sistema difensivo che occupava l’area centrale e più elevata di San Miniato. Federico II, lo Stupor mundi, fece di San Miniato il più importante elemento del sistema di controllo strategico di tutta l’Italia centrale. Al centro del territorio delimitato dalle importanti città di Pisa, Lucca, Volterra e Firenze, questo sistema di fortificazioni costituiva un punto privilegiato per il controllo sulla via Francigena, una delle più importanti strade del Medioevo in Italia, e su tutta la valle dell’Arno. La fortezza venne adibita da Federico II anche a prigione di Stato. Il primo prigioniero illustre fu Pier delle Vigne, primo consigliere di Federico e custode dei sigilli dell’Impero e del Regno di Sicilia. La sua vicenda è rammentata nella Divina Commedia di Dante Alighieri, nel XIII canto dell’Inferno. Accusato di alto tradimento, il ministro venne tradotto nella fortezza di San Miniato nel marzo del 1249. Solo due anni prima, dopo l’espugnazione del castello di Capraia, alcuni nobili fiorentini prigionieri erano stati condannati a morire d’inedia tra le mura della rocca. Anche dopo che San Miniato si sottrasse al diretto controllo imperiale, costituendosi libero comune, le sue fortificazioni continuarono ad ospitare prigionieri; generalmente si trattava di nemici politici della fazione dominante, alternativamente Guelfi o Ghibellini.